El Museo se emplaza en un solar colindante al sitio arqueológico de Colima conocido como "La Campana".

El esquema del proyecto se desarrolla en base al reciclaje de un centro comercial preexistente de 2 naves principales de estructura de concreto, una gran superficie de estacionamiento
y una pronunciada pendiente hacia la avenida Tecnológico.
La estructura pre-existente funge como una caparazón o piel que alberga en su
interior el programa del museo, siendo protagonistas los 3 volúmenes de las 3 salas de exposiciones principales, atravesados por un eje lineal que a manera de "calzada"
conecta el museo con el sitio arqueológico.

Los remates visuales de esta "calzada" son un foro al aire libre rodeado de un gran jardín y el hito del propio museo, un mirador de forma cónica de ladrillo. El recorrido de escaleras en su interior permite a través de sus aberturas apreciar el volcán de Colima (el origen), la zona arqueológica (el pasado), y la ciudad actual.